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轄區：上海市外高橋保稅區、外高橋保稅物流園區、洋山保稅港區、上海浦東機場綜合保稅區
優勢：成為中國實行政府職能轉變、金融制度、貿易服務、外商投資和稅收政策等多項改革措施的試驗田，并大力推動上海市轉口、離岸業務的發展。綜合保稅區即為此次擴區前的自貿實驗區，已有27項制度創新成果在全國或部分地區推廣。下一步，投資管理、貿易便利化、金融、服務業開放、事中事后監管等領域的28項措施將在全國復制推廣，海關監管和檢驗檢疫6項制度創新將在全國其他海關特殊監管區域復制推廣。
各保稅區優勢區分：
A、上海市外高橋報稅區： 于1990年設立，是中國第一個保稅區，也是目前中國國內經濟規模最大、業務功能最豐富的海關特殊監管區；具有優勢性的港口碼頭和充足的保稅倉庫，針對轉口貿易、進口分銷貿易、跨境業務貿易，有著通關快、關稅低、運輸方便、運輸成本低等優勢。
B、外高橋保稅物流園區：于2004年設立，是中國第一個保稅物流園區；依托于上海市外高橋保稅區的業務發展，針對物流運輸業有著快捷、方便等優勢，適合于物流行業的發展。
C、洋山保稅港區于2005年底設立，是中國第一個實行“區港一體”封關運作的特殊監管區域。具有優勢性的是深水港碼頭、重裝備物流園區，適應于大型設備交易、運輸等優勢。
最大的不足距離市區比較遠，轉運成本高，僅適合大設備貿易型企業，如：進口汽車等
浦東機場綜合保稅區：于2009年設立，實行保稅物流區域與機場貨運區一體化運作模式。 由于運輸成本高，運輸能力有限，所以適合一些快速物流、小宗商品貿易型企業。
